Pulau Jawa
11. Provinsi DKI Jakarta: Pelabuhan Sunda Kelapa, Pelabuhan Tanjung Priok.
12. Provinsi Jawa Barat: Pelabuhan Pertiwi, Pelabuhan Pramuka, Pelabuhan Cirebon.
13. Provinsi Banten: Pelabuhan Merak
14. Provinsi Jawa Tengah: Pelabuhan Tanjung Mas, Pelabuhan Tanjung Intan.
15. Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta: Pelabuhan Adikarto
16. Provinsi Jawa Timur: Pelabuhan Batu Guluk, Pelabuhan Kalianget, Pelabuhan Kalimas, Pelabuhan Kamal, Pelabuhan Ketapang, Pelabuhan Ujung, Pelabuhan Tanjung Perak, Pelabuhan Tanjung Wangi.
Pulau Bali dan Nusa Tenggara
17. Provinsi Bali: Pelabuhan Gilimanuk, Pelabuhan Benoa, Pelabuhan Padang Bai.
18. Provinsi Nusa Tenggara Barat: Pelabuhan Lembar, Pelabuhan Kayangan, Pelabuhan Gili Trawangan, Dermaga Tanjung Luar, Pelabuhan Pemenang atau Kantor UPP Kelas III Pemenang, Pelabuhan Labuhan Haji.
19. Provinsi Nusa Tenggara Timur: Pelabuhan Tenau, Pelabuhan Bolok, Pelabuhan Waingapu, Pelabuhan Bung Karno, Pelabuhan Ippi, Pelabuhan Atapupu, Pelabuhan Wini, Pelabuhan Larantuka.
Pulau Kalimantan
20. Provinsi Kalimantan Utara: Pelabuhan Tengkayu I, Pelabuhan Tengkayu II, Pelabuhan Malundung, Pelabuhan Juwata Laut.
21. Provinsi Kalimantan Barat: Pelabuhan Dwikora, Pelabuhan Tanjung Satai, Pelabuhan Kayong Utara, Pelabuhan Teluk Air, Pelabuhan Mempawah, Pelabuhan Sukadana.
22. Provinsi Kalimantan Tengah: Pelabuhan Palangkaraya, Pelabuhan Sampit-Kotim, Pelabuhan Kumai-Kobar, Pelabuhan Bagendang-Sampit, Pelabuhan Kuala Pembuang-Seruyan.
23. Provinsi Kalimantan Selatan: Pelabuhan Banjarmasin, Pelabuhan Batu Licin, Pelabuhan Satui.
24. Provinsi Kalimantan Timur: Pelabuhan Semayang, Pelabuhan Kampung Baru, Pelabuhan Samarinda, Pelabuhan Lok Tuan, Pelabuhan Pondong.
