Faktor penyebab kaya dan beragamnya flora dan fauna di Indonesia adalah tanah. Tingkat kesuburan tanah, suhu tanah, dan daya serap air berpengaruh pada baik tidaknya tumbuhan. Tentunya pertumbuhan tanaman di daerah yang tingkat kesuburan tanah, suhu tanah, dan daya serap airnya baik akan berbeda dengan daerah yang tingkat kesuburan tanah, suhu tanah, dan daya serap airnya kurang baik. Contoh perbedaan yang dikarenakan karakteristik kondisi tanah ini dapat dilihat dan dibandingkan antara hutan di Kalimantan yang subur dengan hutan di Nusa Tenggara.
Air juga merupakan faktor penting yang menyebabkan kaya dan beragamnya flora dan fauna di Indonesia. Perannya yang dapat menyerap, melarutkan, dan membawa makanan yang dibutuhkan tumbuhan sangat penting bagi hidup tumbuhan. Flora yang ada di daerah dengan curah hujan yang rendah memiliki keanekaragaman yang juga rendah dibandingkan dengan daerah yang memiliki curah hujan tinggi.
Selain iklim, tanah, dan air yang merupakan faktor abiotik, ada juga faktor biotik yang mempengaruhi kaya dan beragamnya flora dan fauna di Indonesia, yakni manusia. Manusia dengan ilmu dan pengetahuan serta teknologi yang dimilikinya dapat mengembangkan varietas atau jenis-jenis flora dan fauna baru. Begitu juga dengan tingkat mobilitasnya (pergerakan), manusia bisa membawa dan menyebarkan flora dan fauna dari daerah satu dengan yang lain.
Di sisi lain, manusia juga mempengaruhi keberlangsungan hidup flora dan fauna. Pembangunan rumah, pembukaan lahan, penebangan besar-besaran, perburuan liar serta pencemaran lingkungan adalah contoh perilaku dan sikap manusia yang bisa mengancam keberadaan dan keberlangsungan hidup flora dan fauna.
